Comme tu le dis, l’étude référencée ne parle pas de Paris-Lyon TGV. L'étude à laquelle se réfèrent les articles de journaux est :
http://documentos.fedea.net/pubs/dt/2015/dt2015-02.pdf
Le document a été écrit par deux obscurs chercheurs de l’université de Barcelone. Le document est rempli d’approximations. Exemple page 32, Tableau 5.2 Caractéristiques des lignes rentables Paris-Lyon 409 km ; Population : Paris : 12,3 millions d’habitants ; Lyon 480000 habitants. Pour Lyon ils n’ont compté que les habitants dans les limites administratives de la commune, alors qu’il faut compter le bassin desservi (10 ou 20 fois plus).
Le document dit : « Seules les lignes Paris-Lyon et Tokyo-Osaka sont nettement rentables ». De nombreux journaux français ont choisi un titre plus accrocheur, mais mensonger « Seules 2 lignes TGV au monde sont rentables ».
« Nettement rentable » semble signifier d’une rentabilité financière de plus de 15%. Dans les infrastructures lourdes, ce niveau est très rarement atteint ; un tel niveau d’exigence est inutile, irréaliste et n’est appliqué dans aucun pays (insistons : pour les infrastructures lourdes).
Dans le rapport de la Cour des Comptes « La grande vitesse ferroviaire » d’octobre 2014, la rentabilité de 6 LGV (Lyon, Atlantique, Nord, IdF, Rhône-Alpes, Méditerranée) est présentée page 95. Toutes ces lignes sont rentables. Les prolongations inutiles ne sont pas rentables.
Ce que reproche la Cour des Comptes, c’est que la rentabilité a posteriori est inférieure à la rentabilité a priori, sans doute à cause de la crise de 2008. Les autres critiques de la Cour des Comptes sont pertinentes (desservir Remiremont à la demande d’un élu par exemple).