Le fait d'avoir deux billets au lieu d'un seul pour la totalité du trajet ne doit pas changer les conditions. Par précaution, si le TER est en retard il faut faire annoter le billet par l'ASCT.
Ensuite pour ce qui est du report sur un autre intercités (ou un tgv via paris ?), je ne connais pas les règles commerciales en vigueur actuellement. Disons que dans le temps ça se faisait naturellement sans supplément, bien sur en s'adressant à l'ASCT du train ou si une annonce générale est faite en gare quand ça concerne un bon nombre de voyageurs.
C'est plus sur l'aspect "remboursement ou compensation" que ça peut faire une différence, car le trajet en TER n'est pas couvert par une garantie ponctualité. Donc généralement, il vaut mieux avoir un billet unique pour couvrir les cas litigieux.